O Museu Villa-Lobos nasceu como instituição pública federal em 22 de junho de 1960, na gestão do Presidente Juscelino Kubitschek. O argumento utilizado por Clóvis Salgado, então Ministro da Educação e Cultura, para justificar a criação de um museu voltado para a figura de Villa-Lobos, baseou-se na qualidade artística de sua obra e em seu trabalho como educador. Com o apoio de intelectuais, músicos e políticos ligados à memória e ao patrimônio artístico do Brasil, Arminda Villa-Lobos – segunda mulher do compositor – assume em 1961 a direção do Museu Villa-Lobos e dedica-se à missão de preservar e difundir o legado do compositor. Até o seu falecimento, em 1985, Arminda dirige o museu e assenta as bases da instituição, na sua missão de resguardar a memória de Heitor Villa-Lobos e de difundir o patrimônio musical daquele que foi considerado, ainda em vida, o maior compositor das Américas.
Decreto de Criação do Museu Villa-Lobos - 1960
Carta de Juscelino Kubitschek à Arminda Villa-Lobos - 1974
Sob a guarda da instituição, encontra-se uma parcela significativa de coleções que têm como suporte o papel: partituras manuscritas e impressas, correspondência, documentos textuais, fotografias, programas de concertos, recortes de jornais nacionais e internacionais e cartazes; além do acervo sonoro e das coleções de instrumentos musicais, artes visuais, homenagens e objetos pessoais, entre outros. O mais completo acervo musical sobre o compositor, incluindo a quase totalidade de seus originais, está preservado no Museu Villa-Lobos.
Desde 2009, o Museu Villa-Lobos integra o quadro do Instituto Brasileiro de Museus (Ibram). Em atendimento à Instrução Normativa Nº 3, de 25 de maio de 2018, elaborou o seu Plano Museológico 2018-2021. A elaboração deste documento, instrumento de gestão fundamental para a consecução da missão institucional, é fruto do esforço coletivo da equipe do Museu Villa-Lobos, que se mobilizou nas etapas de diagnóstico e de planejamento para a construção de objetivos e metas de trabalho.
Antigos projetos foram revisitados e novos projetos foram propostos, avaliados à luz do contexto de políticas do setor museológico e em consonância com o Estatuto de Museus, a Política Nacional de Museus e o Plano Nacional Setorial de Museus (2010-2020).